濃香型白酒的生產過程實際上包含了一個龐大的微生物區系的復雜代謝過程。這個龐大微生物區系的微生物來源主要是窖泥和曲藥，這兩者是糟醅微生物區系形成的基礎。細菌是曲藥微生物的重要組成部分，曲藥中細菌的構成及其衍變情況對濃香型白酒的酒體風格的形成有重要影響。長期以來，由于受到科研力量分散以及研究方法單一等限制，廣大科研工作者對曲藥的研究和認識還非常有限。 

本研究選取的來自瀘州老窖股份公司的中高溫曲藥塊，每塊曲粉碎混勻為混合曲樣。以混合曲樣作為分析對象。由于曲藥組成成分復雜，本研究經過多次試驗摸索，Z后采用的是機械破碎法(玻珠破碎法)、酶處理法和表面活性劑處理相結合的方法成功提取到曲藥中細菌的總DNA，然后對細菌的16S rDNA序列進行PCR擴增，利用純化后的PCR擴增產物建立基因組文庫，通過連接、轉化、篩選陽性克隆等一系列步驟，測得曲藥中細菌16S rDNA的近全序列。Z后對曲藥微生物進行了克隆分析、同源性比較和建立系統發育樹，從而對曲藥中不可培養細菌類微生物的構成有了更新的認識。 利用免培養法取得的研究結果表明：在對曲藥中細菌的分析中，共發現hj01代表的Uncultured beta proteobacterium(AJ318110.1)紫細菌群(蛋白菌或變形桿菌)，hj03代表的Comamonas cf acidovorans(AF181575.1)和Delftia acidovorans(AB020186.1)食酸叢毛單胞菌，hj02代表的Uncultured bacterium(ABl76235.1)不可培養桿菌，hj07代表的Dysgonomonas變形菌屬mossii(AJ319867.2)，hi04代表的Uncul tured Bacteroidetesbacterium(AJ318110.1)不可培養擬桿菌類群，hj06代表的Dysgonomonaswimpennyi(AY643492.1)，hj05代表的Delftia tsuruhatensis(AY899912.1)，hj12代表的Pseudomonas sp.(AJ704794.1)假單孢菌屬，hj11代表的Arthrobacter sp.(AJ810897.1)節桿菌屬以及hj13代表的Nocardiopsis sp.(AM236241.1)擬諾卡氏屬。 其中，Delftia acidovorans，Dysgonomonas mossii，Dysgonomonaswimpennyi，Uncultured Bacteroidetes bacterium，Delftia tsuruhatensis，Arthrobacter sp.， Nocardiopsis sp.等多個細菌類群在白酒糟醅及曲藥中的發現尚未見有關報道。 系統發育分析結果表明，在進化樹上，Uncultured beta proteobacterium，Comamonas cf.acidovorans/Deiftia acidovoraDs. Encultured bacterium這四大菌群的親緣關系比較近，Dysgonomonas mossii，Uncu]turedBacteroidetes bacterium和Dysgonomonas wimpennyi這三大菌群的親緣關系比較近，Delftia tsuruhatensis，Pseudomonas sp.和Arthrobacter sp.以及Nocardiopsis sp.的親緣關系比較近。而這三大類分別屬于不同的分支，相互之間親緣關系也比較遠，表明曲藥中的細菌有著很高的生物多樣性。 

從以上鑒定到的細菌類群來看，與已有的研究報告有一定的相似性，也有一定的差異性。相似性表現在，已有研究報告中利用傳統的細菌分類方法都檢出曲藥中假單孢菌屬為其優勢菌，本次研究應用免培養法也檢出假單孢菌。而微生物區系研究結果的差異性表現在很多方面，比如一些學者通過常規方法所鑒定到的大曲中常見的乳酸菌，醋桿菌等，免培養法卻沒有鑒定出相關菌種。大曲生產是傳統工藝，自然培菌，網羅和富集環境中的微生物。而環境中的微生物種類和數量受自然地域條件的影響。我國地域遼闊，環境、氣候千差萬別，生產的大曲質量也不穩定。這些估計與各釀酒廠的地理氣候及土質、曲藥生產工藝差異以及實驗方法不同等諸多因素有關。特別是利用分子生物學分析獲得的一些在微生物分類學上尚未定性以及一些在常規分析鑒定方法中尚未被報道的細菌微生物菌系，其在曲藥中的地位和作用，尚有待作進一步的研究。